يتكون البناء المبسط للمقطر الصندوقي من وعاء ذي غطاء شفاف يسمح بنقل الإشعاع الشمسي, ويحتوي الوعاء على كمية من ماء مالح فوق قاعدة سوداء,لامتصاص أكبر قدر من الإشعاع، وبتأثير حرارة الإشعاع تصبح درجة حرارة الماء داخل الصندوق أعلى مما يحيط به، الأمر الذي يساعد على تبخير الماء.
وينتقل بخار الماء الناتج إلى غطاء المقطر على الجانب الداخلي للغطاءعند درجة حرارة تقع بين درجة الماء المالح في القاعدة ودرجة حرارة المحيط. ويراعى عند تصميم المقطر أن يميل الغطاء قليلا عن الوضع الأفقي حتى ينساب عليه بخار الماء المكثف حيث يجمع بعد ذلك.
